Fabuła rozpoczyna się w momencie, gdy z tajnych składów agencji najemników, które znajdują się na Syberii, skradziono cztery głowice nuklearne. Do zbadania sprawy zaangażowani zostają doświadczeni John Mullins oraz jego przyjaciel Aaron "Hawk" Parsons. Trop prowadzi do niebezpiecznej, neo-nazistowskiej organizacji terrorystycznej The Order, której przywódcą jest Sergiej Dekker. Szczególną cechą "Soldier of Fortune" są realistycznie odwzorowane obrażenia, które sprawiły, że gra została zaliczona do produkcji zawierających przemoc, a w niektórych krajach nawet wycofana z dystrybucji.